Дом построен в 1841 году для гоф-медика Карла Леопольдовича Дворжака по проекту Франца Ивановича Руска (возможно, брата известного архитектора Луиджи Руска).

Дворжак Карл Леопольдович (1802, Далмация — 20. 09. 1860, Петербург), граф, доктор медицины, действительный статский советник. Окончил Петербургскую медико-хирургическую академию (МХА) в 1827 г. и был назначен ординатором в Петербургский артиллерийский госпиталь, затем батальонный лекарь в лейб-гвардии Измайловском полку. В 1831 – 1860 гг. — гоф-хирург. В 1836 г. получил в Петербургской МХА степень медикохирурга и назначен преподавателем латинского языка при академии. В 1844 – 1854 гг. — столоначальник канцелярии Главного медицинского инспектора по армии.

В 1870е годы принадлежал действительному статскому советнику Александру Федоровичу Гладышеву.
Существовал проект надстройки дома четвертым этажом, но реализован он не был. Фасады в целом оставались в том виде, как их задумал Ф.Руска. В 1873 году появился только козырек над входом в дом со стороны Фонтанки по проекту Н.Бенуа, а в 1879 году академик архитектуры Александр Аполлонович Щедрин пристроил крыло в 4 оконных оси по Крюкову каналу.

Здесь жил Александр Адольфович Винклер — композитор, музыкальный критик, профессор консерватории, педагог композитора Сергея Сергеевича Прокофьева. В его квартире Прокофьев учился играть на фортепиано.

В советское время — многоквартирный жилой дом.

В 2006 году влючен в перечень домов, подлежащих расселению (постановление правительства Санкт-Петербурга от 24 апреля 2006 года N 457).

В 2007 году весь квартал на углу Крюкова канала и Фонтанки попал в законопроект «О развитии застроенных территорий». (Формально этот законопроект был разработан для «реновации хрущевок», однако в списке оказались кварталы далеко не только из спальных районов города.) Над целым рядом исторических домов, в том числе и над домом Дворжака, нависла угроза сноса или радикальной реконструкции.
Вскоре городские власти одумались, и в начале 2008 года квартал был из программы «реновации» исключен. Однако процесс ускоренного расселения признанных аварийными домов в квартале был к тому времени уже запущен. Дом Дворжака оказался в собственности инвестора, который, по словам районной администрации, «решил имущественно-правовые вопросы с собственниками жилых помещений».

Согласно письму комитета по охране памятников от марта 2016 года, пользователем квартир NN 1-9 и нежилых помещений 5-Н и 7-Н здания является ООО «ТП-Инвест». Учредителями этой фирмы были предприниматели Александр Терентьев и Виктор Прокопцов. Им же принадлежала компания «Отель Амбассадор», которая в первой половине нулевых выстроила уродливую новостройку на месте исторического дома 7 по пр.Римского-Корсакова.
Дому Дворжака, видимо, тоже была уготована незавидная участь. Статус выявленного объекта культурного наследия, который тогда был у здания, в те годы застройщики сплошь и рядом снимали по заключениям «заказных» экспертиз.
Однако с домом Дворжака так не получилось. 28 сентября 2008 года Совет по культурному наследию отклонил «концепцию приспособления под гостиницу» объекта культурного наследия «Дом К.Л. Дворжака» и рекомендовал «переработать проект с условием сохранения предметов охраны». А через год КГИОП присвоил зданию статус памятника регионального значения.

Последний раз инвестор проявлял какую-то активность в 2015 году, когда в КГИОП была направлена очередная «концепция на приспособление здания для современного использования». Больше попыток к восстановлению дома (за исключением обновления зеленой сетки) собственник не предпринимал.
В 2016 году между бывшими компаньонами Терентьевым и Прокопцовым вспыхнул корпоративный конфликт, который затянулся на многие годы. Обе стороны завалили друг друга судебными исками. Деятельность многих подконтрольных им фирм, в том числе и «ТП-Инвест», оказалась практически парализована. В октябре 2018 года было ликвидировано ТСЖ «Крюков канал дом 28».

Между тем, 22 авуста 2019 года КГИОП, наконец, утвердил охранное обязательство, которое «направил собственникам Объекта». Обязательство предписывает «выполнить работы по ремонту и реставрации объекта» и «обеспечить установку информационных надписей и обозначений». На оба требования установлен срок в 36 месяцев, то есть до 22 августа 2022 года.

Теперь Комитет по охране памятников, видимо, просто спокойно ждет наступления этого «контрольного срока». Никаких работ в доме Дворжака как не было, так и не предвидится. Здание брошено и не охраняется.

В ночь на 10 августа 2021 года произошел крупный пожар. По официальным сообщениям, огонь охватил 210 кв. м. здания, горели мусор и строительные материалы. Пожар тушили до самого утра.

На верхних этажах дома после расселения сохранялись исторические двери, потолочная лепнина, розетки и изразцовые печи. К настоящему времени все разграблено мародерами.

Дом-памятник погибает на глазах, и пока нет предпосылок для изменения ситуации к лучшему.