С. У. Богомолов являлся одним из крупнейших землевладельцев этого района. Особняк был построен предположительно в 1872 году для семьи Богомолова, позже владение перешло его сыну — С. С. Богомолову.

Последний хозяин — галантерейная фабрика — оставила дом в 1990-е.

С тех пор участок неоднократно менял пользователей. В 2007 году здание было передано Северо-западному межрегиональному управлению Росаэронавигации, в 2011 году — «Дирекции по инвестиционной деятельности», в 2012 году — Федеральному агентству по обустройству государственной границы Российской Федерации (Росграница).
Однако особняк все это время оставался заброшенным и разрушался. Наконец, в 2014 году и Росграница отказалась от здания «из-за плохой экологии места — близости к пр. Стачек и ЗСД».

Росимущество сдало особняк в долгосрочную аренду (на 49 лет) компании «Питер» для приспособления под гостиницу.

Осенью 2020 года в КГИОП поступила историко-культурная экспертиза проекта приспособления дома под бизнес-центр. Были опубликованы эскизы предполагаемого внешнего вида памятника после ремонта.

30 марта 2022 года пришло сообщение от очевидца о том, что на протяжении примерно недели происходит демонтаж кирпичной кладки стен и перекрытий со стороны двора.